科汇堂是科研智库平台,由复旦大学、中科院和海外知名大学等顶级科研机构的教师、博士后联合创办,旨在为科研工作者提供一流的科研培训和服务。
(报名后可不限次免费参加科汇堂同种课程;报名即送:30种常用科研软件;多种软件视频教程。)
引言:从Nature投稿要求说起
各大期刊均对投稿数据的有严格且细致的要求,并在官网提供详细的格式要求说明文档。以下以Nature为例解读(完整pdf文件可在Nature官网下载)。
该说明中涉及的格式要求,可以分为如下几类:
1. 图像:
分辨率(单位-ppi,彩图一般要求300ppi、灰度图1000ppi)
色彩模式(简单来讲分为RGB/CMYK,如设计印刷则是CMYK)
图像格式/大小(可接受格式有tiff、JPEG、pdf、psd,每种格式的优势和场景不同)
文档中未提及,但实际更为重要的--科研图像处理伦理(采图原则、图像处理分析方法/禁忌)
2. 图表/示意图:
字体大小(5pt~8pt,除图标外,最大7pt、最小5pt)
字体-有衬线/无衬线、是否加粗(图标文字要加粗、小写字母,其他文字不建议加粗)
表格正文使用7pt的Helvetica或Arial字体
线条粗细(0.25-1pt)
格式:建议矢量(ai、eps、pdf)
3. 排版
整图尺寸(最大不超过18.3cm)
图间隙(最小化)
论文数据可视化概览:
根据来源和格式,我们把数据大致分成以下三类。这三类数据及其相关软件的使用,基本涵盖了实验结果整理和论文发表过程中的:What?Why?How?
图像:图像处理与分析
图表:美化、格式
示意图:绘图
大图排版
课程大纲
第1天 科研图像处理
【主讲老师】李博士 生物成像与图像处理领域资深专家,曾任中科院某所影像平台主任。
【内容简介】准确、高效、美观的图像数据往往直接提升论文的影响因子档次。图像处理也是科研工作者犯错失误的重灾区。本部分课程主要讲解图像基础知识、软件图像处理操作。软件包括全能型图像软件Photoshop,以及国际学术界使用最广的科研图像处理软件ImageJ。课程目的是让学员做到:1-不犯错图像错误;2-提升日常图像处理效率、准确度;3-具备部分高级图像分析能力。
第2天 论文作图与排版
【主讲老师】科汇堂视觉团队共同开发课程。由具有学术背景的老师讲授。
【内容简介】高影响因子杂志对示意图、图表排版的要求极高,Nature、JACS官网有专门供下载的图表格式要求文档。但国内大部分科研工作者甚至都不曾读懂,比如字体大小pt是如何设置?线条粗细1pt是什么意思?300ppi又是什么意思?本部分课程介绍论文配图绘制、大图排版、图表美化和会议展报制作的实现,教学中强调实际操作,以保证学员在课程结束后有实际操作能力的提升。通过两天的系统学习,即可轻松实现《Nature》级的图表。
第1天:科研图像处理
本部分课程从图像的基础知识讲起,逐渐过渡到软件操作和应用案例实现。ImageJ是国际学术界使用最广、最权威的开源图像处理软件,且不存在收费和版权问题,遗憾的是在国内不够普及。Photoshop功能强大,适用于科研工作中的各种日常场景。
1.1 科研图像基础
分辨率/图像尺寸计算、灰度/RGB/CMYK/HSB/Lab色彩模式及其应用、直方图、调色:黑场/白场/中间色调(gama值)、白平衡、图像格式:tiff/gif/jpg/png
1.2 常用成像仪器采图要点
激光共聚焦显微镜等成像设备的采图原理、及其数据处理差异、采图参数要求
1.3 图像软件
Photoshop:核心概念:图层/蒙版/曲线、调色:曲线/色阶、图像裁剪、像素/尺寸修改、自动拼接、测量、TEM照片上色、制作展示视频
ImageJ:基础操作、通道融合/拆分、图像调节深析、伪彩、去噪、图像运算、光照不均校正、加标尺批处理
1.4 案例解析:
病理切片分析、纳米球尺寸/粒径分布测量、光照不均校正/物镜污渍去除、白平衡、荧光强度定量分析、Western blotting条带分析、细胞面积/体积测量、计数、共定位、制作展示视频
1.5 SCI杂志对图像的要求
尺寸要求、采图原则、后处理注意事项
1.6 科研图像伦理
不能有的操作、必须有的操作;提升质量的操作。
示例:共聚焦采图标准
示例:白平衡校正
示例:多通道荧光图像处理
示例:不同种类噪点及去除
示例:荧光定量
示例:病理切片分析
示例:显微镜光照不均校正
示例:移除图像中的外源污渍
示例:Western Blot条带分析
示例:面积计算
示例:SEM照片上色
第2天:AI绘图与排版
本部分课程围绕Adobe Illustrator(AI)在科研中的应用展开,包含:示意图绘制、配色入门、Graphpad与AI联用美化图表、论文大图排版、会议展报制作等。本部分侧重操作,学员在老师的带领下练习由简单到复杂的案例。课程结束后学员有能力自己制作《Nature》级的图表。
2.1 绘图/设计基础
矢量绘图原理、常见效果及其实现、配色/字体/排版、论文配图要点及、SCI高分论文示例、两色/三色搭配、主色/辅助色/点缀色、相近色/对比色、论文配色思路
2.2 AI
基础操作、画板/图层、锚点/钢笔工具;基本形状绘制、形状变换、旋转、各种对齐操作;创造复杂图形;渐变实现3D效果、用笔刷快速绘制重复单元(细胞膜、DNA等);符合SCI论文要求的导出
2.3 配图案例
绘制基本形状/细胞器
信号通路
纳米球结构
跨软件协作:图像、图形、图表综合应用
2.4 图表优化
Graphpad/Origin图表与AI的联用、矢量图的导出和格式
2.5 排版案例
论文大图排版
学术会议展报制作
示例:基本图形的绘制
示例:细胞膜的画法
示例:示意图绘制
示例:数据图表美化
示例:多图组合排版
FAQ:
没有软件怎么办软件?
报名后我们会协助安装软件,可长期使用;
教学方式是怎样的?
三段式:讲解、跟随操作、练习;
两天课程能学到什么水平?
所有学员掌握绘制常用图像处理/示意图,足以应付日常应用场景;并具备以后自我提升的方法能力。
课后遗忘怎么办?
本课程学员可不限次免费参加科汇堂同种课程,以达到复习巩固的目的。
报名信息:
上课时间&地址(报名后发送详细地址):
2019年11月23-24日,北京
报名方式:
报名请扫下面二维码或点击文末的【阅读原文】
注册费用:
学员类型注册费备注教职工博后3200元/人座次按到账顺序排列
在读学生2900元/人(提供正规发票。费用不包含晚餐、住宿。)
汇款方式:
A:银行转账
账户名称:上海合知堂信息科技有限公司 账户号:03485500040015753
开 户 行:中国农业银行股份有限公司上海复旦支行
B:支付宝转账
支付宝账号:service@kehuitang.com 支付宝户名:上海合知堂信息科技有限公司
C:现场刷卡或现金:支持公务卡
说明:汇款时请备注姓名,上课座次按到款顺序排列
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